# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 9-N3-12cycles-IDT.AT20.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : TCAGGTG
# seq_fin : CGTGG
# MS_seq : AT
# excl : C,G
# nom  : AT20
# typeF: IDT
# log file: 9-N3-12cycles-IDT.AT20.merged.withUMI.group.identity.AT20.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: TCAG.TGAT.+ATATAT.+AT.GTGG|TCAG.TGAT.+ATATAT.+ATC.TGG|TCAG.TGAT.+ATATAT.+ATCG.GG|TCAG.TGAT.+ATATAT.+ATCGT.G|TCAG.TGAT.+ATATAT.+ATCGTG.|TCAGG.GAT.+ATATAT.+AT.GTGG|TCAGG.GAT.+ATATAT.+ATC.TGG|TCAGG.GAT.+ATATAT.+ATCG.GG|TCAGG.GAT.+ATATAT.+ATCGT.G|TCAGG.GAT.+ATATAT.+ATCGTG.|TCAGGT.AT.+ATATAT.+AT.GTGG|TCAGGT.AT.+ATATAT.+ATC.TGG|TCAGGT.AT.+ATATAT.+ATCG.GG|TCAGGT.AT.+ATATAT.+ATCGT.G|TCAGGT.AT.+ATATAT.+ATCGTG.
# condiSet1: s/\t.*TCAG.TGAT/\tAT/;s/\t.*TCAGG.GAT/\tAT/;s/\t.*TCAGGT.AT/\tAT/
# condiSet2: s/AT.GTGG.*$/AT/;s/ATC.TGG.*$/AT/;s/ATCG.GG.*$/AT/;s/ATCGT.G.*$/AT/;s/ATCGTG..*$/AT/
#--------------------------------------
